Родился 2 октября 1882 года в городе Златоуст Челябинской области. Окончил Московское военное училище и Николаевскую академию Генерального штаба. С 1901 года служил в царской армии на командных и штабных должностях. Во время Первой мировой войны показал хорошее знание тактики, проявил личную отвагу, отличился во многих сражениях и успешно продвигался по служебной лестнице.

В 1918 году Шапошников, демобилизовавшись одним из первых офицеров, добровольно вступил в ряды Рабоче-Крестьянской Красной Армии. Во время гражданской войны Борис Михайлович разработал все основные директивы и приказы фронтам и армиям, принимал участие в разработке планов операций по разгрому Юденича, Деникина, панской Польши, Врангеля. После войны служил в Штабе РККА, командовал военными округами и в 1930 году был принят в партию без кандидатского стажа, став одним из главных советников Сталина по военным вопросам.

Наряду с Рокоссовским, пользовался уважением Вождя народов и был одним из немногих, к кому тот обращался по имени и отчеству. В период с 1932 по 1935 год Борис Шапошников занимал должность руководителя и профессора в Военной академии имени Фрунзе. На этом посту он внёс значительный вклад в процесс подготовки командных кадров.

На протяжении военной карьеры трижды возглавлял Генеральный штаб. В 1940 году Шапошникову присвоено звание Маршала Советского Союза.

Находясь на должности Начальника Генерального штаба РККА, разработал важнейшие операции советских войск 1941—1942 годов. На протяжении всего периода Великой Отечественной Войны входил в состав Ставки Верховного Главнокомандования.

Шапошников Борис Михайлович скончался 26 марта 1945 года в Москве после тяжелой болезни. Маршал не дожил до дня Победы 44 дня. Тело военачальника было кремировано и захоронено в Кремлевской стене на Красной Площади столицы.