Эдуард Регель родился 13 августа 1815 года в городе Гота в Тюрингии. С 1832 по 1837 год был вольнослушателем в гёттингенском Ботаническом саду и изучал ботанику под руководством профессора Ф. Бартлинга. Затем работал и учился в ботанических садах Бонна и Берлина.

Осенью 1855 года Регель переехал в Россию и стал работать в Императорском ботаническом саду, где занял место учёного директора.

Ученый не только сделал ботанический сад одним из лучших в Европе, но и внес огромный вклад в русское садоводство.

В 1871 году Регель по заданию Ботанического сада совершил длительную поездку по странам Западной Европы с целью изучения опыта работы зарубежных ботанических садов, а также приобретения растений для нужд Сада. В Германии, Англии, Бельгии, Франции, Австрии, Швейцарии и Италии он собрал сам 240 видов растений и приобрёл, преимущественно в обмен, 980 видов.

Именно Регель основал при Ботаническом саде музей, ботаническую лабораторию, акклиматизационный сад в Петербурге, имевший целью акклиматизацию плодовых и декоративных деревьев и кустарников, Императорское российское общество садоводства, в котором он был вице-президентом. Он также стал учредителем нескольких специальных журналов по садоводству, которые сам редактировал, а также выпустил несколько практических справочников. В 1872–1874 годах по проекту Регеля и под его руководством разбит Адмиралтейский сад в Санкт-Петербурге.

Эдуард Регель похоронен на Смоленском лютеранском кладбище.