Родился 17 июня 1884 года в Санкт-Петербурге. В 1902 году окончил классическую гимназию и поступил в Императорский Санкт-Петербургский университет на естественное отделение. В 1905 году зачислен на математическое отделение физико-математического факультета. После окончания университета Павел Михайлович оставлен при университете для подготовки к профессорскому званию по кафедре физической химии. В том же году приглашен Б. Б. Голицыным для научной работы в Физическом кабинете Императорской Академии наук в качестве сверхштатного ассистента.

С 1908 года П.М. Никифоров работал под руководством академика Б.Б. Голицына, занимаясь экспериментальной и теоретической сейсмометрией. Он взял на себя всю организационную работу по созданию Сейсмической сети Академии наук. Благодаря его знаниям и организаторским способностям за четыре года были открыты семь сейсмических станций 1-го класса и семнадцать станций 2-го класса.

Никифоров активно участвовал в работе Постоянной Центральной Сейсмической Комиссии (ПЦСК). В ноябре 1909 года его избрали ученым секретарем ПЦСК, а в 1912 году он стал штатным лаборантом Физической лаборатории Академии наук.

В 1921–1923 годах Павел Михайлович одним из первых провел вариометрические исследования в районе Курской магнитной аномалии. С 1924 по 1928 год он разработал гравитационный вариометр собственной конструкции и осуществил гравиметрическую съемку на Урале, в Кривом Роге, Средней Азии и Крыму.

В 1925 году Никифоров предложил новый тип гравитационного вариометра с визуальным отсчетом и коротким периодом собственных колебаний. Он также занимался теоретическими исследованиями по интерпретации гравиметрических наблюдений для определения распределения масс в земной коре. Для решения этих задач Никифоров использовал сейсмический метод, регистрируя упругие колебания, вызванные искусственными взрывами. Он проводил наблюдения на артиллеристском полигоне и в открытом поле на юге СССР.

29 марта 1932 года стал членом-корреспондентом АН СССР. В 1934 году ему без защиты диссертации присвоили степень доктора физико-математических наук. Он много лет успешно сочетал научно-исследовательскую деятельность с преподаванием в различных вузах: Ленинградском географическом институте, Военно-инженерной академии, Гидрофизическом институте, Институте прикладной геофизики АН СССР, Ленинградском горном институте и Ленинградском государственном университете.

В 1935 году Никифоров организовал систематические наблюдения за сейсмичностью в СССР, создав сеть региональных сейсмических станций в Крыму, на Кавказе и в Средней Азии. Это позволило создать первую карту сейсмичности территории страны.

14 июня 1944 года указом Президиума Верховного Совета СССР награжден Орденом Трудового Красного Знамени.

П.М. Никифоров ушел из жизни 2 ноября 1944 года, но его имя навсегда останется в истории отечественной науки. Его научные труды, организаторский и педагогический талант способствовали развитию сейсмологии и гравиметрии в России.