Игорь Фёдорович родился в Нижнем Новгороде в семье инженера. Среди предков Игоря Федоровича – крестьяне и дворяне. Оба деда тяготели к технике – один работал в кузнице, другой – в цеху по производству паровозов.

Отца мальчика перевели с предприятия «Красное Сормово» на «Ижорский завод» под начало Петра Меркурьева, брата артиста Василия Меркурьева, и семья переехала в Колпино, пригород Ленинграда.

С началом войны Масленниковых эвакуировали на Урал, а Федора Павловича направили в Челябинск, где тот возглавил КБ по производству танков Т-34. С послевоенным возвращением семьи в Ленинград возобновилась дружба с семьей Меркурьевых, в доме которых Масленниковы, не имевшие жилья, прожили 2 года. Игоря окружала артистическая атмосфера, но о режиссуре, увлеченный рисованием и литературой, не помышлял.

В 1954 году Масленников стал дипломированным филологом и начал работу в многотиражке родного университета.

В 1967 году он окончил Высшие режиссёрские курсы при киностудии «Ленфильм», организованные Григорием Козинцевым. В кино режиссёр дебютировал фильмом «Личная жизнь Кузяева Валентина». Впоследствии пробовал себя в различных жанрах. Огромную известность Масленникову принесли телевизионный сериал «Приключения Шерлока Холмса и доктора Ватсона» и трилогия «Зимняя вишня».

Фильмография Игоря Масленникова очень разнообразна и включает детские фильмы, мелодрамы, телесериалы, картины о войне и исторические драмы, экранизации русских классиков.

Более двадцати лет является президентом петербургской студии «Троицкий мост». Ведёт свою мастерскую на «Высших режиссёрских курсах» в Санкт-Петербургском государственном институте кино и телевидения, а также читает лекции в Высшей школе режиссёров и сценаристов в Санкт-Петербурге.