Мануйлов родился в 1903 году в Новочеркасске в семье врача. В 1920 году он окончил среднюю школу и поступил преподавателем литературы и языка на Военные командные курсы в Новочеркасске, а затем в Баку. Одновременно с февраля 1922 г. он учился на историко-филологическом факультете Азербайджанского университета в Баку, по окончании которого переехал в Ленинград.

В 1928 году В. А. Мануйлов включился в подготовку Полного собрания сочинений Пушкина в шести томах под редакцией П. Е. Щеголева. С 1931 по 1933 год ученый работал главным библиотекарем фундаментальной библиотеки Ленинградского университета, занимаясь одновременно изучением наследия Пушкина и Лермонтова. В 1934 году по приглашению Б. М. Эйхенбаума из издательства «Academia» В. А. Мануйлов приступил к подготовке пятитомного издания сочинений Лермонтова. В эти же годы у В. А. Мануйлова возник замысел целого комплекса библиографических работ по Лермонтову. Исчерпывающая библиография изданий Лермонтова составила первый том «Материалов для библиографии М. Ю. Лермонтова». Изданию второго тома помешала Великая Отечественная война. Только в 1980 году издательство «Наука» выпустило в свет «Библиографию литературы о Лермонтове», составленную ученицей В. А. Мануйлова О. В. Миллер. Это пособие воплотило замысел первой книги третьего тома «Материалов для библиографии Лермонтова».

В 1936 году началась подготовка к столетию со дня смерти Пушкина. В это время (с 1934 г.) Мануйлов был одним из руководителей Пушкинского общества, сначала в качестве ученого секретаря, затем заместителя председателя Правления при председателе — академике Н. С. Державине, а с 1936 года — при А. Н. Толстом.

В годы Великой Отечественной войны В. А. Мануйлов — уполномоченный Президиума Академии наук СССР по Институту русской литературы (Пушкинский Дом) АН СССР — оставался в осажденном городе. Он поселяется в здании института и вместе с небольшой группой сотрудников нес дежурства на крыше здания, участвовал в ликвидации повреждений и следил за сохранностью рукописных и музейных фондов института. Одновременно он продолжан заниматься научной работой: писал книги и брошюры в специальной «Оборонной серии», выпускавшиеся в осажденном городе, организовывал и проводил научные заседания, читал лекции в госпиталях и на предприятиях, был членом редколлегии журнала «Звезда».

В декабре 1945 года В. А. Мануйлов в Институте русской литературы (Пушкинский Дом) АН СССР защитил кандидатскую диссертацию на тему «Жизнь и творчество Лермонтова. Детство и отрочество».

В. А. Мануйлов широко известен прежде всего как лермонтовед и пушкинист. С 1958 года он член Пушкинской комиссии АН СССР, но круг его научных интересов очень широк. Им написано несколько работ о А. П. Чехове, Л. Н. Толстом, Н. В. Гоголе, В. Г. Белинском, а также ряд исследовательских статей о творчестве советских поэтов, рецензии на новые сборники стихов, отзывы на кинофильмы и театральные постановки. Параллельно с научно-исследовательской работой В. А. Мануйлов читал курсы в вузах по литературе XIX в. и литературоведению.

В Ленинградском университете Мануйловым защитил докторская диссертация по совокупности работ о жизни и творчестве М. Ю. Лермонтова (1967). Двадцатитрехлетний труд ученого-исследователя, ученого-организатора, ученого-наставника над этим изданием завершился в 1981 году выходом в свет «Лермонтовской энциклопедии».

Лермонтовская энциклопедия / Акад. наук СССР, Институт русской литературы (Пушкинский дом) ; [главный редактор В. А. Мануйлов]. - Москва : Советская энциклопедия, 1981. - 784 с.

Мануйлов, В. А. Михаил Юрьевич Лермонтов: пособие для учащихся. - Ленинград : Просвещение, 1976. - 176 с. - (Биография писателя).