Матвей Манизер родился в Петербурге в семье художника. Получив среднее образование, будущий скульптор поступил на математический факультет Петербургского университета, который закончил в 1914 году. Параллельно в 1908–1909 годах Манизер учился в Училище технического рисования барона А. Л. Штиглица под руководством В. Е. Савинского, а затем в Рисовальной школе Общества поощрения художеств, где обучался лепке у скульптора И. И. Андреолетти. В 1911 году Матвей Генрихович поступил в скульптурный класс Академии художеств, которую закончил в 1916 году.

С 1918 года Матвей Манизер участвовал в осуществлении ленинского плана монументальной пропаганды. Один из примеров воплощения этого плана – выполненный из цемента рельеф «Рабочий», находящийся в Петровском Пассаже в Москве. Он относится к числу немногих подобных сохранившихся памятников. Манизер – один из основоположников стиля социалистического реализма в скульптуре. Его творчество сложилось в традициях академической школы. Для него характерны завершенность и четкость объемов, гладкая фактура поверхности.

В 1920–1930-е годы скульптор создал целый ряд идеологически востребованных памятников. Основной темой его творчества стало монументальное воплощение образов вождей и героев революции. Манизер – автор памятников Володарскому и «Жертвам 9 января 1905 года» в Ленинграде, Куйбышеву и Чапаеву в городе Куйбышеве (ныне Самара), большого количества памятников Ленину и Сталину.

Созданные Матвеем Манизером памятники Ленину стали своеобразным эталоном для скульптурного изображения вождя революции и породили множество копий. Помимо идеологических заказов, скульптор создал статую А. С. Пушкина для нового здания вокзала в городе Пушкине и обелиск на месте дуэли поэта. Манизер – автор памятников Т. Г. Шевченко, установленных в Харькове, Киеве и Каневе.

Матвей Манизер начал свою педагогическую деятельность в 1921 году и в дальнейшем преподавал в различных художественных институтах Петрограда-Ленинграда и Москвы. В 1926 году он вступил в Ассоциацию художников революционной России, с 1937 по 1941 год был председателем правления Ленинградского отделения Союза художников РСФСР.

К числу наиболее известных работ Матвея Манизера относится скульптура «Дискобол». Ее история восходит к серии «на физкультурные темы», выполненной в 1926 году совместно с Е.А. Янсон-Манизер и Т. С. Кирпичниковой.

В 1941 году Матвей Манизер переехал в Москву, где создал большой объем монументальных работ для станций московского метрополитена «Площадь Революции», «Измайловская» (позже – «Измайловский парк», сейчас – «Партизанская») и «Белорусская-кольцевая».

Наиболее масштабная работа скульптора и группы его учеников (А.И. Денисов, А.А. Дивин, А.А. Пликайс, Л.К. Жданов, Г.Ф. Ветютнев, И.П. Иванов, Е.Г. Фалько, М.А. Владимирская и В.А. Пузыревский) – бронзовые фигуры, установленные на станции «Площадь Революции». Все скульптуры были выполнены в 1936–1939 годах в Ленинградской мастерской художественного литья.

В настоящее время на станции установлено 76 бронзовых фигур, воплощающих 20 различных образов: скульптуры в арках повторяются по четыре раза, а в замурованном арочном проходе – дважды. Они расставлены в хронологическом порядке, представляя историю революции от октября 1917 до декабря 1937 года. Все фигуры, кроме фигур пионеров, изображены либо вставшими на колено, либо согнувшимися, либо сидящими. Только так их можно было разместить в арочных проходах. В связи с этим скульптура критиковали, говоря, что в его представлении советский народ «или сидит, или стоит на коленях». Однако такую композицию одобрил Сталин. Он заявил, что скульптуры «как живые».

Последней крупной работой Матвея Манизера стала многофигурная композиция «Борьба за мир».

В 1936–1940 годах Матвей Манизер жил на Петроградской стороне – в бывшем Жилом доме Первого Российского страхового общества по адресу: Каменноостровский проспект, 26-28. Скончался скульптор в Москве. Похоронен на Новодевичьем кладбище.