Родился 21 сентября 1902 года. Происходил из старинного польского рода Наленч-Малаховских. Отец — Б. С. Малаховский — инженер, организатор советского паровозостроения и конструктор паровозов; брат — Лев Малаховский, художник-график. Дядя А. С. Малаховский — астраханский архитектор, автор многих архитектурных памятников в Астрахани.

Окончил среднюю школу, потом учился в музыкальном училище, затем — во ВХУТЕМАСе, обучение в котором завершил в 1926 году. Окончил архитектурный факультет Академии художеств. Начиная с 1926 года, рисунки Малаховского постоянно начали появляться на страницах «Бегемота», «Смехача», «Чудака», в 1930-х годах — «Крокодила».

Б.Б. Малаховский участвовал в проектировании и строительстве жилого дома работников Всесоюзного института экспериментальной медицины на Каменноостровском проспекте, 69-71, других сооружений, но главной его страстью был рисунок.

Бронислав Малаховский — первый иллюстратор «Золотого ключика» А. Толстого. Но начальный опыт работы иллюстратором относится ещё к годам его студенчества: в 1925 году Малаховский вместе с художником Н. Снопковым выполнил для издательства «Радуга» иллюстрации к детской книжке Н. Асеева «Песни Пищика».

Участник Международной выставки карикатуры (1934) и выставки «Художники РСФСР за 15 лет».

Бронислав Брониславович с 1928 года жил в доме на Ждановской набережной, 34, в квартире на 4 этаже, где жил немногим ранее Алексей Николаевич Толстой. В этом доме Малаховский прожил здесь последние 9 лет своей короткой жизни.

Бронислав Малаховский был арестован 23 июля 1937 года. Комиссией НКВД и Прокуратуры СССР приговорен к расстрелу 27 августа 1937 года. Захоронен в поселке Левашово.

Согласно данным организации «Мемориал» Бронислав Малаховский был в силу его национальной принадлежности записан в польские шпионы. Реабилитирован посмертно Военным трибуналом ЛВО 8 января 1958 года за отсутствием состава преступления.

25 июля 2015 года в Санкт-Петербурге на фасаде дома 1/3 по Малому проспекту Петроградской стороны был установлен мемориальный знак «Последний адрес» Бронислава Брониславовича Малаховского.