Родился 13 июля 1909 года в Саратове. С 1926 года работал слесарем на предприятиях Саратова и Сталинграда.

В 1930-1931 годах занимал ряд должностей в комсомольской организации. В 1931-1936 годах учился в Военно-морском училище им. М. В. Фрунзе. Служил штурманом на подводных лодках Балтийского и Северного флотов. С мая по октябрь 1938 года С. П. Лисин в рядах добровольцев-интернационалистов принимал участие в боях на территории Испании.

В годы Великой Отечественной войны сражался на Балтике. Командир подводной лодки С-7 капитан 3-го ранга С. П. Лисин к сентябрю 1942 года совершил 5 боевых походов. Лодка потопила несколько вражеских кораблей.

В январе 1945 года С. П. Лисин был направлен на Тихоокеанский флот в качестве старшего преподавателя курсов офицерского состава.

В декабре 1945 года назначен командиром дивизии подводных лодок. С апреля 1948 года по сентябрь 1970 года С. П. Лисин занимался преподавательской работой в Высших специальных офицерских классах подводного плавания и противолодочной обороны Краснознаменного учебного отряда подводного плавания им. С.М. Кирова и в Ленинградском высшем инженерном морском училище им. адмирала С.О. Макарова.

Звание Героя Советского Союза капитану 3-го ранга С. П. Лисину присвоено Указом Президиума Верховного Совета СССР от 23 октября 1942 года. В июле 1945 года он получил орден Ленина и медаль «Золотая Звезда» (№ 7123).

Награждён двумя орденами Ленина, орденами Красного Знамени, Отечественной войны I степени, Красной Звезды, медалями «За боевые заслуги», «За оборону Ленинграда».

Герои Петроградской стороны : краткие биографии Героев Советского Союза, Героев Социалистического Труда и почетных граждан Санкт-Петербурга, чья жизнь была связана с Петроградской стороной / составители: В. И. Щербаков, Г. М. Атаманова, И. В. Вчерашняя ; редактор: О. Капполь. - Санкт-Петербург : Златоуст, 2010.