После окончания гимназии поступил на службу в Ссудную казну и в 1823 году был назначен помощником директора. В 1830-х годах им было составлено собрание постановлений, относящихся к ссудной казне, со времени её учреждения в 1772 году по 1833 год.

В 1842 году в здании Опекунского совета при сохранной казне Санкт-Петербурга была открыта Первая правительственная сберегательная касса. Сберегательная книжка за № 1 была выдана чиновнику Ссудной казны, надворному советнику Н. А. Кристофари, внёсшему вклад в сумме десяти рублей.

В 1850-х годах ему была поручена ревизия документов и вкладов ссудной казны. С 1855 года он заведовал канцелярией опекунского совета.

В 1859 году был членом комиссии для составления проекта общего устава для заёмного банка и в комиссии для рассмотрения предположений о финансовых мерах к облегчению крестьянам выкупа земельных угодий.

В 1866 году Кристофари был назначен почётным опекуном и получил в своё управление Карточную фабрику, где сделал многое для улучшения быта рабочих.