Родился в Ленинграде в семье врачей. Годы блокады провёл в эвакуации в Мариинском Посаде (Чувашия).

В 1944 году семья вернулась в Ленинград. Окончил исторический факультет Ленинградского педагогического института имени А. И. Герцена, там же - аспирантуры по философии и новой истории.

В 1950-х годах Кон читал лекционные курсы в Вологодском педагогическом институте. Позже, вернувшись в Ленинград, – в Ленинградском химико-фармацевтическом институте и на философском факультете ЛГУ.

Работал в Институте конкретных социальных исследований АН СССР, Институте общественных наук при ЦК КПСС, Институте этнографии АН СССР. В 1985 году переехал в Москву.

В 1980-1990-х годах Кон неоднократно бывал с лекциями в научных центрах и университетах Западной Европы и Америки.