Родилась в имении Никифорово Тетюшского уезда Казанской губернии 6 июля (по другим данным — 7 июля) 1852 года.

Получила образование в Казанском Родионовском институте благородных девиц, уделявшем особое внимание религиозному воспитанию учащихся. Именно там она стала убежденной атеисткой, однако Евангельский принцип «отдать себя всецело избранной цели» стал ее убеждением на всю жизнь и был связан с революционной работой.

В 1870 году Вера поступает в Казанский университет и тогда же выходит замуж за судебного следователя А. В. Филиппова. Они вместе едут в Швейцарию, чтобы завершить там медицинское образование.

В 1872 году В. Н. Фигнер поступает на медицинский факультет Цюрихского университета, где знакомится с народницей Софьей Бардиной и сложившимся вокруг неё кружком русских студенток. «Все студентки были от неё без ума», — утверждал В. К. Плеве, директор Департамента полиции и будущий министр внутренних дел.

В 1874 году Вера переходит на учебу в Бернский университет, где знакомится с М. А. Бакуниным. В 1875 году возвращается в Россию, участвует в «хождениях в народ», ведет пропаганду среди крестьян в селе Студенцы Самарской губернии. Формально Вера Фигнер не входила в организацию «Земля и воля», но возглавляла созданный ею автономный кружок «сепаратистов», который разделял платформу землевольцев и сотрудничал с ними.

После распада «Земли и воли» вошла в Исполнительный комитет организации «Народная воля», вела агитацию среди студентов и военных в Петербурге и Кронштадте. Участвовала в подготовке покушений на Александра II в Одессе и Петербурге. После убийства Александра II смогла скрыться, оказавшись единственным не арестованным полицией членом организации. Выехав в Одессу, участвовала в покушении на военного прокурора Стрельникова. Весной 1883 года в Харькове выдана полиции, арестована и предана суду.

Тяжкие испытания, выпавшие на долю Веры Николаевны, — полная опасностей жизнь в революционном подполье, утрата близких людей, гибель любимого дела и крушение многих идеалов, 22-летнее одиночное заключение в Шлиссельбургской крепости — не сломили ее. Лучшее свидетельство тому — книга ее воспоминаний «Запечатленный труд».

Вере Николаевне Фигнер удалось ярко, талантливо и честно запечатлеть целый период в истории русской освободительной борьбы. Ее воспоминания — незаменимый исторический источник.

С 1904 года находилась в ссылке в Архангельской и Казанской губерниях, а затем — в Нижнем Новгороде. В 1906 году она покинула страну и за границей развернула кампанию в защиту политзаключенных в России — проводила публичные выступления, собирала деньги на нужды заключенных, выпустила брошюру о русских тюрьмах. На родину вернулась в 1915 году.

После Октябрьской революции 1917 года В. Н. Фигнер занялась литературным трудом, ее книга «Запечатленный труд» принесла ей всемирную известность, она сотрудничала в журнале «Каторга и ссылка», написала ряд биографий народовольцев и статей по истории революционного движения в России 1870–1880-х годов.

Также В. Н. Фигнер стала членом Общества бывших политкаторжан и ссыльнопоселенцев.

В 1926 году специальным постановлением Совета Народных Комиссаров Вере Николаевне в числе восьми других «участников цареубийства 1 марта 1881 года» была назначена пожизненная пенсия.

Удивительна ее судьба. Вере Фигнер было 9 лет, когда отменили крепостное право, а ушла из жизни она, когда уже гремели бои Великой Отечественной войны. Она скончалась 15 июня 1942 года в Москве, похоронена на Новодевичьем кладбище столицы.