Герман Фридрих Эйлерс родился в городке Аурих в Нижней Саксонии. Получив профессию садовника, работал в различных садовых предприятиях, в лесном питомнике в Дрездене. Летом 1860 года получил приглашение от князя Н. Б. Юсупова и переехал в Петербург, где стал работать садовником при Юсуповском дворце на Мойке. Менее чем за десять лет добросовестной работы Эйлерс скопил достаточно средств, чтобы открыть собственное дело. В 1868 году он вступил «в Общество Садоводства, а в 1869 году открыл свой первый цветочный магазин и построил свою первую оранжерею. Всего за десять лет были построены восемнадцать теплиц и оранжерей, четыре из них были заняты лавровыми деревьями разной величины и формы. Растения поставлялись для декорирования помещений к праздникам и балам. И вскоре Герман Эйлерс стал официальным поставщиком императорского двора. Цветочные магазины Эйлерса открывались по всему Петербургу.

Герман Федорович был не только отличным садовником, он всегда старался иметь разнообразный ассортимент культур и семян, способный удовлетворить любой взыскательный вкус. Он часто проводил экскурсии для любителей цветов. Под руководством Эйлерса работало общество «Помощь бедным».
Г. Ф. Эйлерс участвовал сам и принимал участие в подготовке выставок (в том числе и международных), являлся непременным членом многих экспертных комиссий и от своего имени многократно предоставлял ценные призы для победителей в определенных номинациях. Так, на Международной выставке 1883 г. серебряный кубок от Эйлерса был вручен за лучшую группу цветущих растений. За подготовку этой выставки и участие в ней Герман Федорович получил 4 малые золотые медали и большую серебряную. Но главной наградой стал орден Святого Станислава 3-ей степени, дающий право на получение звания потомственных почетных граждан России, а затем и подданства.

18 марта 1894 года Эйлерс приведён был к присяге на подданство России; в удостоверение чего получил свидетельство для свободного проживания во всех городах и селениях Российской Империи. В Красном Селе на празднике древонасаждений Герману Федоровичу, которому тогда было уже 76 лет, был присужден I-ый почетный приз императора Николая II, а также юбилейная медаль Общества Садоводства за азалии, и еще несколько золотых и серебряных медалей в разных номинациях.

На Каменноостровском проспекте в начале 1880 годов Г. Ф. Эйлерс приобрел большой участок земли, где построил свои оранжереи и теплицы, а также разбил сад. На лицевой части проспекта был построен особняк, где заслущенный садовод проживал с семьей. Дочь Эйлерса Маргарет Фредерика вышла замуж за архитектора Федора Ивановича Лидваля, а один из сыновей, Константин, в отличие от своих братьев, продолживших дело отца, стал архитектором и при содействии Ф. Лидваля, построил доходный дом на улице Рентгена, 4.

Фирма Эйлерса потерпела крах с началом Первой мировой войны из-за волны антинемецких настроений. 30-го октября 1914 года Эйлерс был лишён званий, привилегий, имущества, магазинов, садоводств. В один миг он утратил всё, что имел, чего достиг и заслужил.

Г. Ф. Эйлерс поселился на даче в Териоках, где скончался 22-го июля 1917 года в возрасте 80 лет. Похоронили его на Волковском лютеранском кладбище рядом с женой Эммой-Гезиной-Амалией, скончавшейся в январе 1899 года.

Сыновья уехали в Германию и там продолжили дело отца.