Научные труды Михаила Александровича Дьяконова посвящены истории права средневековой Руси.

Магистерская диссертация М. А. Дьяконова «Власть московских государей» является одним из основных в нашей историко-юридической литературе трудов по истории политических идей и теории верховной власти в Древней Руси. В дальнейшем Дьяконов сосредоточился на изучении истории тяглого населения Московской Руси. Результатом этих исследований был ряд отдельных этюдов, напечатанных в «Журнале Министерства Народного Просвещения»: «К истории крестьянского прикрепления», «Половники поморских уездов», «Бобыли XVI—XVII веков», «Задворные люди». На основе этих работ историк в 1898 году защитил докторскую диссертацию «Очерки из истории сельского населения в Московском государстве».

В работе «Власть московских государей. Очерки из истории политических идей древней Руси до конца XVI века» ученый проследил, как формировалась идеология самодержавной власти в России, как возникла доктрина «Москва – третий Рим».

Последний большой труд М. А. Дьяконова: «Очерки общественного и государственного строя Древней Руси до конца XVII века» лег в основе общего курса истории русского права, читавшегося в высших учебных заведениях дореволюционной России.